U Poglavlju o pravilima o podrijetlu i postupcima u vezi s podrijetlom Sporazuma o gospodarskom partnerstvu između EU i Japana predviđen je niz novih postupaka.
Za provedbu Odjeljka B, Poglavlja 3. o postupcima podrijetla, DG TAXUD Europske komisije razvio je sljedeće smjernice:
Uz navedeno, Komisija je otvorila posebnu adresu e-pošte za konkretna pitanja o provedbi Sporazuma o gospodarskom partnerstvu između Europske unije i Japana: TAXUD-E5_EU_JAPAN_EPA@ec.europa.eu