Tijekom vremena uloga carinskih laboratorija mijenjala se sukladno promjenama društvenog i gospodarskog okruženja, tako da se danas pored tradicionalne uloge naplate carinskih i trošarinskih prihoda (npr. Zajednička poljoprivredna politika, antidampinških i tarifnih suspenzija, trošarinskih proizvoda) i drugih mjera, stvara potreba za zajedničkom borbom protiv nezakonite trgovine i prijevara sprječavanjem nezakonitog uvoza ili izvoza roba, zaštitom potrošača od nesigurnih i opasnih proizvoda, zaštitom okoliša, te borbom protiv terorizma na teritoriju EU.
Carinski laboratorij je tehnički i operativno osposobljen za obavljanje širokog spektra ispitivanja neophodnih za provedbu zakonskih propisa u svim pitanjima koja se odnose na carinsku službu, a u skladu s najboljom praksom europskih carinskih laboratorija.
Prvi počeci rada carinskog laboratorija u Zagrebu datiraju od 1965 godine od kada zapo činje i njegova dugogodišnja tradicija u obavljanju poslova iz nadležnosti rada Carinske uprave.Na teritoriju Republike Hrvatske bila su tri laboratorija: u Zagrebu, Splitu i Rijeci.
Djelatnost kojom su se bavili jesu organoleptička i fizikalno-kemijska ispitivanja u svrhu razvrstavanja robe u carinsku tarifu. Prema tadašnjim mogućnostima i opremi to su bili tzv. “osnovni laboratoriji“ bez naprednijih instrumentalnih analitičkih tehnika.
Do ulaska u Europsku uniju (01.07.2013.), carinski laboratorij u Zagrebu je opremljen najsuvremenijim instrumentalnim analitičkim tehnikama kao što su plinski i tekućinski kromatografi, rendgen, induktivno optička plazma, mikroskopi, uređaji za destilaciju alkoholnih pića i naftnih derivata, uređaji za određivanje gustoće, refrakcije, polarizacije i ostali uređaji, dok su laboratoriji u Splitu i Rijeci zatvoreni.
U pripremama za pristupanje Republike Hrvatske u punopravno članstvo Europske unije, kada je u pitanju područje carina, radi osobitosti jedinstvenih pravila Carinske unije, bilo je potrebno prilagoditi se traženim standardima Europske unije što je ostvareno putem twinning instrumenta pretpristupne pomoći kroz programe:
- CARDS 2003 (Twinning light projekt „Jačanje sustava carinskih laboratorija u Hrvatskoj“);
- IPA 2007 (Twinning projekt „Razvoj carinskog laboratorija“ – Komponenta I „Obuka“ i Komponenta II „Nabava opreme za carinski laboratorij“);
- IPA 2010 (Twinning light projekt „Uvođenje sustava osiguranja kvalitete za kontrole trošarinskih roba i roba iz područja Zajedničke poljoprivredne politike (ZPP) u hrvatskom carinskom laboratoriju“).
Partneri u sva tri projekta bili su nam stručnjaci iz španjolskog carinskog laboratorija (Porezna agencija Kraljevine Španjolske).
Carinski laboratorij se trebao što brže prilagoditi, te su uloženi dodatni napori i sredstva u izgradnji novih laboratorijskih prostora i u stručnoj edukaciji službenika. Carinska uprava je izgradila novi laboratorij 2011. godine, te se laboratorij sa stare lokacije iz Područnog carinskog ureda Zagreb površine cca 200 m
2 preselio u novouređene prostorije površine cca 1400 m
2 u prostoru Policijske akademije.
