Sukladno Masterplanu za EMCS sustav, a koji se odnosi na višegodišnje planove razvoja i implementacije ovog sustava na razini Europske unije, sve države članice u obvezi su planirati razvoj nacionalnih trošarinskih aplikacija.
Početak pune primjene EMCS faze 3.2 za sve države članice Europske unije je 11. veljače 2016. godine.
Temeljni dokumenti za razvoj ove faze sustava su:
FESS v3.65 (Functional Excise System Specification)
Od rujna 2016. godine u primjeni su nove verzije dokumenata:
FESS v3.69;
DDNEA for Phase 3 v1.79.