Republika Hrvatska je započela 1. ožujka 2013. godine s nacionalnom primjenom Sustava kontrole kretanja trošarinskih proizvoda - EMCS (engl. Excise Movement and Control System - EMCS; u daljnjem tekstu: EMCS sustav).
Nacionalna primjena EMCS sustava označila je, prije svega, prelazak s papirnatog sustava na elektroničku razmjenu informacija o kretanju trošarinskih proizvoda u sustavu odgode plaćanja trošarine i isključivu primjenu elektroničkog trošarinskog dokumenta (e-TD) u odnosu na kretanja trošarinskih proizvoda koja započinju i završavaju u Republici Hrvatskoj, te je ujedno omogućila, i u tom smislu i predstavlja, značajnu fazu u pripremi za učinkovitu primjenu EMCS sustava u širem kontekstu Europske unije.
Prijemom Republike Hrvatske u Europsku uniju - 1. srpnja 2013. godine, Republika Hrvatska je preuzela sve obveze koje proizlaze iz punopravnog članstva u Uniji te, u skladu s odredbama europskog trošarinskog zakonodavstva, i obvezu primjene EMCS sustava za kretanje trošarinskih proizvoda u sustavu odgode plaćanja trošarine unutar Europske unije.
Također, u skladu s izmjenama europskog trošarinskog zakonodavstva, primjena EMCS sustava se od 13. veljače 2023. godine proširuje na EU kretanja trošarinskih proizvoda puštenih u potrošnju između gospodarstvenika (EMCS faza 4.0), što označava prelazak s papirnatog postupanja temeljem pojednostavnjenog papirnatog pratećeg trošarinskog dokumenta (PPTD-a) na elektroničko podnošenje propisane dokumentacije (e-PPTD-a od strane pošiljatelja odnosno potvrde o primitku od strane primatelja, uz obvezu uključenim dionicima - pošiljateljima/primateljima - prethodne registracije i ishođenja odgovarajućeg statusa pri tijelu nadležnom za trošarine). Proširena primjena EMCS sustava obuhvatiti će i EU kretanja potpuno denaturiranog alkohola (nova šifra trošarinskog proizvoda - S600).
e-Poslovanje će se početi primjenjivati od 13. veljače 2023. godine, uz prijelazno razdoblje (do 31.12.2023.) za zatvaranje u papirnatom obliku kretanja koja su započeta prije 13. veljače 2023. godine.
Nadalje, u skladu s izmjenama europskog trošarinskog zakonodavstva, od 13. veljače 2024. godine sve države članice dužne su uspostaviti sučelje između EMCS sustava i Automatiziranog sustava izvoza (engl. Automated Export System/AES) - AES-a (EMCS faza 4.1) u pogledu EU izvoznih kretanja trošarinskih proizvoda, odnosno izvoznih kretanja trošarinskih proizvoda koja su započeta u nekoj od država članica, a izvozna deklaracija se u skladu s člankom 221. stavkom 2. Provedbene uredbe (EU) 2015/2447 (SL L 343, 29.12.2015.) podnosi drugoj državi članici (država članica izvoza).
| FAZA | DATUM POČETKA PRIMJENE |
| EMCS faza 3 - nacionalna primjena | 01.03.2013. |
| EMCS faza 3 - EU primjena | 01.07.2013. |
| EMCS faza 3.1 | 13.02.2014. |
| EMCS faza 3.2 | 11.02.2016. |
| EMCS faza 3.3 | 15.02.2018. |
| EMCS faza 3.4 | 13.02.2020. |
| EMCS faza 4.0 | 13.02.2023. |
| EMCS faza 4.1 | 13.02.2024. |